少收的1件商品，需要双方沟通确认，是在路上丢失或者报废，还是A仓库少发了这1件商品。

1. 若是A仓库少发了1件商品，A仓库会补发，那么，建议B仓库按照实际和99件商品录入调拨入库单，并等待下次补发的1件商品到货后，再录入一张调拨入库单完成本次调拨。

2. 若是A仓库少发了1件商品，且A仓库不会补发，那么，建议A仓库反审核原调拨出库单，修改数量为实际发货的99件，审核后，B仓库再录入调拨入库单，录入实际到货的99件商品，完成入库。

3. 若双方确认这件商品丢失，那么，需要判断是谁的责任，若是由A仓库负责处理，那么，建议A仓库反审核原调拨出库单，修改数量为实际发货的99件，审核后，B仓库再录入调拨入库单，录入实际到货的99件商品，完成入库；若是由B仓库负责处理，那么，建议B仓库在调拨入库单中录入数量100件，再做其他出库单，将丢失的1件商品进行出库。